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《当代西方宗教思潮研究——“新时代”运动、女权神学与后现代主义》
《论马克思主义宗教学体系》
《基督宗教研究》第32辑
《中国宗教学的现状与展望：宗教学“三大体系”建设的基础与始点》
《“宗教学新论”文丛》（第8辑、第12辑）
《“宗教学新论”文丛》（第7、9、10、11辑）
《“宗教学新论”文丛》（第1-6辑）
《当代中国宗教学研究（1949-2019）》
《本色之探——20世纪中国基督教文化学术论集》
《中国宗教学30年（1978-2008）》
《论马克思主义宗教观》
《日本神学史》
《信仰之间的重要相遇》
《基督宗教与当代社会》
《神圣与世俗之间》
《中国宗教学40年（1978-2018）》
《马克思主义经典作家关于宗教的基本观点研究》
《基督宗教研究》第十三辑
《基督宗教研究》第21辑
《基督宗教研究》第20辑
《论积极引导宗教》
《宗教慈善与社会发展》
《中国人的宗教信仰》
《中国宗教与文化战略》
《马克思主义宗教观探究》
《思源探新：论宗教与中国传统文化》
《“全球化”的宗教与当代中国》
《心曲神韵-随感集》
《以文会友-序文集》
《学苑漫谈-讲演集》
《当代中国宗教研究精选丛书：基督教卷》
《基督宗教研究》第19辑
《基督宗教研究》（第18辑）
《宗教：关切世界和平》
《宗教与可持续社区研究》
《基督宗教研究》（第17辑）
《信仰探索：卓新平自选集》
《基督教与和谐社会建设》
《基督宗教研究》（第十六辑）
《基督教与中国文化处境》
《宗教比较与对话》（第4辑）
《基督宗教研究》（第14辑）
《宗教比较与对话》（第3辑）
《宗教比较与对话》（第1辑）
《当代亚非拉美神学》
《宗教理解》
《基督宗教研究》(第8辑)
《“间”性探幽》——对话集
《当代西方天主教神学》
《西哲剪影》——爱智集
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