《意见》明确提出该项治理工作要以《宗教事务条例》和《山东省宗教事务条例》等法规为依据，以整顿违规佛道教寺观、规范佛道教教职人员管理、整治“假僧假道”行为、整顿宗教活动秩序为目标，加强组织领导、学习宣传，强化协调配合，精心组织实施，集中整治、限期整改，确保专项治理活动扎实有效开展。

《意见》明确了专项治理工作的职责分工。要求十部门在本系统内对该项工作进行部署，按照“谁主管、谁负责”的原则，对由本部门管理的历史遗留或未批先建、尚未依法登记开放的寺观及其有关问题进行治理整顿。同时，建立联席会议机制，加强部门联动和协调配合，通过信息沟通、联合执法检查等方法，协力解决重点难点问题促进工作落实。

国家宗教事务局会同中央统战部、国家发改委、公安部、住房和城乡建设部、文化部、国家工商行政管理总局、国家旅游局、中国证监会和国家文物局等部门于2012年10月8日联合下发《关于处理涉及佛教寺庙、道教宫观管理有关问题的意见》（以下简称《意见》）。《意见》针对一些地方和企业受经济利益驱动，搞“宗教搭台，经济唱戏”，在涉及佛教寺庙、道教宫观的管理方面出现的一些不正常现象，提出了具体的管理和整治措施。对于切实维护宗教界和信教群众的合法权益、尊重信教群众的宗教感情、依法管理宗教事务、保障宗教的健康有序发展，具有十分重要的现实意义。